ชาวมาดากัสการ์คนแรกเป็นผู้อพยพจากประเทศอินโดนีเซีย

เกาะมาดากัสการ์ตั้งอยู่ 400 กิโลเมตรจากชายฝั่งตะวันออกของแอฟริกา ประชากรสมัยใหม่ของเกาะ - Malagasy - เป็นส่วนผสมที่ซับซ้อนของชนเผ่า Bantu แอฟริกันกับคนเอเชียตะวันออกสันนิษฐานว่าผู้อพยพจากเกาะบอร์เนียวหรือกาลิมันตัน แต่ที่น่าสนใจคือชาวบ้านพูดภาษาของตระกูลภาษาออสโตรนีเซียน ใช่และประเพณีท้องถิ่นมากมายตั้งแต่การเพาะปลูกข้าวขั้นบันไดและลงท้ายด้วยสถาปัตยกรรมเอเชียของสถาปัตยกรรมที่อยู่อาศัยระบุการตั้งถิ่นฐานหลักของเกาะอินโดนีเซีย แต่มันจะมีเหตุผลมากกว่าที่จะคิดว่าในตอนแรกเกาะนี้เป็นที่อยู่อาศัยของชนเผ่าผู้อพยพจากทวีปแอฟริกา และต่อมาผู้อพยพจากเกาะบอร์เนียวเข้าร่วมเพราะหมู่เกาะอินโดนีเซียอยู่ห่างจากมาดากัสการ์มากกว่า 5,000 กิโลเมตร

นักวิทยาศาสตร์มาเป็นเวลานานไม่สามารถมาถึงฉันทามติเกี่ยวกับการก่อตัวของประชากรของเกาะ แต่นักพันธุศาสตร์ที่ช่วยนักประวัติศาสตร์และนักชาติพันธุ์วิทยาได้ค้นพบความลับของการตั้งถิ่นฐานของมาดากัสการ์ในที่สุด กลุ่มนักวิทยาศาสตร์นานาชาติทำการตรวจสอบ DNA ของผู้อยู่อาศัยบนเกาะกว่า 2,700 คนอาศัยอยู่ในหมู่บ้าน 250 แห่งซึ่งตั้งอยู่ในส่วนต่าง ๆ ของเกาะ ในการวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมได้รับการยืนยันว่า Malagasy ที่ทันสมัยเป็นลูกหลานของชาว Bantu แอฟริกันและชาวอินโดนีเซียในเวลาเดียวกัน ยิ่งไปกว่านั้นในส่วนต่าง ๆ ของเกาะความเด่นของยีนบางอย่างนั้นแตกต่างกันไป ยีนแอฟริกันอยู่ทางตอนเหนือของประเทศและประชาชนที่มียีนอินโดนีเซียจำนวนมากอยู่ทางตอนใต้และตอนกลาง

นอกจากนี้ยังเป็นที่น่าสนใจว่าด้วยความช่วยเหลือของการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมมันเป็นไปได้ที่จะกำหนดอายุของประชากรต่าง ๆ ของผู้อพยพ การแยกตัวของมาดากัสการ์และบรรพบุรุษของชาวแอฟริกันเกิดขึ้นเมื่อประมาณ 1,500 ปีก่อน แต่การแยกตัวของชาวเกาะจากอินโดนีเซียจากเกาะบอร์เนียวเกิดขึ้นตามที่นักพันธุศาสตร์เมื่อประมาณ 2,000-3,000 ปีก่อน นอกจากนี้ยังเป็นไปได้ที่จะระบุความแตกต่างในองค์ประกอบของผู้อพยพ การย้ายถิ่นของอินโดนีเซียรวมถึงการไหลเข้าของชายและหญิงในสัดส่วนที่เท่ากันโดยประมาณ ในขณะที่ผู้อพยพชาวแอฟริกันส่วนใหญ่เป็นเพศชาย ความสัมพันธ์เล็กน้อยกับประชากรของตะวันออกกลางก็พบว่า เมื่อมันปรากฏออกมาพวกเขาก็มีส่วนในการก่อตัวของชาวมาดากัสการ์